骸骨水晶，主要是看水晶的生長紋路，晶體在生長時，因溫度或環境劇變，邊緣生長速度大於晶面，形成階梯狀、凹槽、空腔或「開窗」造型。 但是，在磨成圓珠的時候，很多這些特殊紋路會被磨掉，尤其是咪數小的時候，所以如果水晶珠子內有看到特殊的三角開窗、凹槽或是類似晶中晶的結構比較明顯的，才會比較稱作是 “骸骨水晶”。