護照姓名問題

(代PO) 狀況如下 朋友完全沒辦過護照,我幫她查外交部查名字發現她的名字有四種不同拼法,爬版上的文結果是要以威妥瑪拼音為主,但她的威妥瑪拼音和以前有的證件、畢業證書的拼音都不一樣,如果是這樣的話要以畢業證書名字去櫃檯做證明,以證書名字辦護照,再加註別名(威妥瑪拼音)嗎?原本想直接打去外交部領事事務局問,但他因為有些狀況要在今天之內訂好機票,有點緊急才上來求助版友>< 我自己的經驗是上次陪別的朋友去辦,櫃檯的人員說要使用通用拼音,櫃檯還有一張表格可以做比對,所以我也沒辦法給她正確的答案,畢竟我另一個朋友是被要求使用通用拼音而不是威妥瑪⋯⋯有點困惑,想請有經驗的版友提供相關的處理方式!謝謝!!
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B4 因為我朋友的畢業證書、信用卡都是漢語拼音(跟網站上的一樣)但威妥瑪拼音兩個音節都有不同的地方,我另一個朋友辦則是被要求使用通用拼音而不是威妥瑪,我是跟我朋友說她如果要去辦護照記得帶畢業證書去證明,不然可能也會被要求要改?