檢方複訊後，認定4人均涉犯行使公務員登載不實公文書及過失致死等罪嫌重大，諭知前承辦員曾小姐請回，限制住居、出海及出境；民政課長王詠濬15萬元交保，限制住居、出境出海；公所秘書張源寶20萬元交保，限制住居出境出海。而鄉長林清水則遭檢方認定有勾串共犯、證人之虞，有羈押之原因及必要，當庭將林逮捕，並向花蓮地院聲請羈押禁見。

樺加沙颱風來臨前夕，農業部9月19日召開專案會議，再度評估疏散範圍，林保署提出陽明交大最新報告，原先假設的「晴天溢流」，調整為符合現實的「颱風豪雨溢流」情境，指出再降雨500mm就可能壩頂溢流，溢流將提前發生，疏散區修正為180戶。 林保署也提供9月21日簡報，清楚載明疏散範圍由259戶（686人），減少為180戶，可見疏散範圍經過數度調整，已較8月原始計畫縮減。 9月21日發布樺加沙颱風警報，依法開設中央災害應變中心，指揮官為內政部長劉世芳，21日中央災害應變中心即刻運作，第1、2次會報，依據農業部9月19日所劃定疏散區，估算花蓮撤離人數為275人；但到了晚間6點再度開會，宣布撤離人數擴大為1800戶（8000多人）。

#光復鄉長這樣叫「廢弛職務過失致死罪嫌重大」，我就問什麼時候要羈押內政部和農業部官員