馬薩式屋頂是台南司法博物館的建築特色，屋頂裝飾美麗的石質魚鱗式屋瓦，並融入具有裝飾及通風功能的牛眼窗。高大的屋頂木造結構，因「非對稱設計」東、西側分別設置圓形屋頂與高塔 （已拆除，用藝術裝置「天塔」意